Erzincan Binali Yıldırım Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü 29/05/2007 tarihinde kurulmuştur. Bünyesinde ilk defa 2009-2010 Eğitim Öğretim yılı Güz yarıyılında Sağlık Bilimleri Enstitüsü Hemşirelik Anabilim Dalı Tezli Yüksek Lisans programı faaliyete geçmiştir. Enstitümüzde Anatomi, Tıbbi Biyokimya, Tıbbi Fizyoloji, Tıbbi Mikrobiyoloji, Tıbbi Farmakoloji, Farmasötik Bilimler (Disiplinlerarası), Eczacılık Biyokimyası, Farmasötik Kimya, Hemşirelik, Beden Eğitimi ve Spor, Sağlık Fiziği, Beslenme ve Diyetetik Anabilim Dallarında Yüksek Lisans ve Doktora düzeyinde öğrenci yetiştirilmektedir.